ThesisOpen AccessPDF tersedia
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Wilayah dengan potensi perikanan tangkap di perairan pesisir dan muara, adalah perairan muara Ancam Kabupaten Bulungan. Di wilayah ini, terdapat sejumlah unit penangkapan yang dioperasikan oleh nelayan Bulungan dengan tujuan memanfaatkan sumberdaya perikanan secara berkelanjutan. Unit penangkapan ikan yang mendominasi dan aktif beroperasi di wilayah perairan pesisir/muara Ancam adalah unit penangkapan tugu (stownet) dengan hasil tangkapan utama (Main Catch) berupa berbagai jenis udang. Udang adalah hewan kecil tak bertulang belakang (invertebrata) yang tempat hidupnya adalah di perairan air tawar, air payau dan air asin. DNA barcoding adalah salah satu adalah metode molekuler untuk mengidentifikasi spesies yang mampu memberikan kecepatan dan keakuratan dalam mengidentifikasi jenis spesies. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan spesies udang dan karakter molekulernya dari hasil tangkapan tugu Muara Ancam di kabupaten Bulungan. Tahapan identifikasi molekuler penelitian ini terdiri dari proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis dan sekuensing. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini menunjukkan bahwa, 8 sampel udang menghasilkan sebuah sekuen nukleotida dengan kisaran panjang DNA 474bp – 699bp (base pairs). Kemudian Hasil pencocokan sekuen menunjukkan bahwa terdapat 8 jenis sekuen yang telah dipasangkan dengan persentase kemiripan terhadap GenBank NCBI. Kemiripan ini berkisar antara 98,41%-100% untuk setiap spesies yang teridentifikasi hasil penelitian identifikasi spesies secara morfologi dan molekuler, terdapat delapan jenis spesies udang yang teridentifikasi yakni Metapanaeus brevicornis ,Penaeus merguiensis, Mierspenaeosis scultillis, Eutrichocheles modestus, Orastosqulla interrupta, Solenocera crassicornis, Metapenaeus ensis, Metapenaeus Monoceros
ThesisOpen AccessPDF tersedia
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
kan kiper termasuk ikan demersal sehingga dapat ditemukan dibagian dasar perairan laut maupun perairan payau, juga memiliki gizi yang cukup tinggi dengan harga terjangkau. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis ikan kiper yang diperdagangkan di Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan Kalimantan Utara berdasarkan karakter mmorfologi dan molekuler, serta menganalisis jarak genetik dan pohon filogenetiknya. Pengambilan sampel diambil secara acak sebanyak 30 sampel ikan kiper. Sampel ikan kiper kemudian diidentifikasi dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Molekuler dilakukan dengan menggunakan DNA barcoding berbasis gen mitokondria Cytochrome Oxydase Subunit I (COI) melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan sekuensing. Hasil dari sekuensing di validasi dengan fitur Basic Local Aligment Search Tool – nucleotide (BLAST-n) menunjukkan bahwa ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan merupakan spesies Scatophagus argus dengan tingkat kemiripan antara 98,98% - 99,85% S. argus yang ada pada GenBank Basic Local Aligment Search Tool (BLAST). Jarak genetik ikan ikan kiper dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan data lain dari sekuen yang dikumpulkan dari National Centre For Biotechnology Information (NCBI) diperoleh jarak genetik yang sangat dekat yaitu dengan jarak 0,002 dari perairan Malaysia bagian Pinang dan Thailand. Rekonstruksi pohon filogenetik membentuk clade ingroup dengan percabangan sekuen S. argus dari Pasar Tradisional Beringin Kota Tarakan dengan S. argus dari perairan Indonesia (Lampung), Malaysia (Pinang dan Selangor) Thailand.
ThesisOpen AccessPDF tersedia
2023•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
kan selangat merupakan ikan yang memiliki nilai ekonomis dan ekologis yang cukup tinggi dan banyak di tangkap oleh para nelayan dan untuk dijadikan sebagai konsumsi masyarakat kota Tarakan dari berbagai kalangan Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasikan jenis ikan selangat yang diperjualbelikan di Pasar Tradisional Beringin Tarakan, Kalimantan Utara berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya, serta menganalisis jarak genetik dan filogenetiknya. Pengambilan sampel dilakukan secara acak sebanyak 30 sampel ikan selangat. Sampel ikan selangat kemudian di identifikasi dengan mengamati morfologi dan mengukur karakter morfometriknya Identifikasi molekuler menggunakan gen mitokondria Cytochrome Oydane Subunit (COI) melaui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA. elektroforesis dan sekuensing Hasil pengukuran morfometrik ikan selangat diperoleh nilai kisaran panjang total 12,9 15,5 cm dan panjang standar antara 10,4-12.5 Hasil sekuensing divalidasi dengan fitur BLASTn menunjukkan bahwa ikan selangat dan Pasar Tradisonal Beringin Tarakan merupakan spesies Anodontostoma chacunda dengan tingkat kemiripan antara 98,61%-99,84% dengan spesies A charda yang ada pada GenBank NCBI Jarak genetik ikan selangat dari Pasar Tradisonal Beringin Tarakan dengan data sekuen lain yang dikumpulkan dan NCBI diperoleh jarak genetik terdekat 0,000 yaitu dari Perairan Malaysia Konstruksi pohon filogenetik membentuk satu clade besar yang sama antara chaconda dari Pasar Tradisonal Beringin Tarakan dengan A chacunda dan Perairan Malaysia sehingga dapat dikelola dalam satu unit pengelolaan yang sama
ThesisOpen AccessPDF tersedia
2022•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Ikan baronang merupakan ikan demersal yang hidup di dasar atau dekat dengan dasar perairan. Ikan baronang memiliki banyak variasi morfologi sehingga perlu diidentifikasi spesiesnya secara akurat. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jenis ikan baronang (Siganus spp.) yang diperdagangkan di pasar Beringin Tarakan, berdasarkan karakter morfologi dan molekulernya (Jarak genetik dan hubungan kekerabatan). Penelitian ini dilakukan dengan mengukur karakter morfologi dan morfometrik. Selanjutnya, diidentifikasi karakter molekuler melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis, dan sekuensing. Berdasarkan identifikasi karakter morfologi dan molekuler pada penelitian ini ditemukan dua jenis ikan yang berbeda yaitu S. guttatus dan S. javus. Satu sekuen di uji molekuler dan disimpulkan bahwa sekuen dalam penelitian ini merupakan spesies S. guttatus dengan panjang 710 bp dan tingkat kemiripan dengan kisaran 98.78% - 99.79% dengan spesies S. guttatus yang ada pada GenBank NCBI. Dari hasil analisis jarak genetik sekuen dari pasar Beringin Tarakan dan dengan data sekuen lain yang dikumpulkan dari GenBank NCBI jarak genetik terdekat 0,000 adalah dari perairan Vietnam, Filipina, Canada, Malaysia dan perairan India. Rekonstruksi filogenetik membentuk 2 clade. Clade 1 adalah spesies dari S. guttatus (in-group) dan clade 2 adalah spesies dari S. javus (out-group).
ThesisOpen AccessPDF tersedia
2022•Skripsi, Thesis, Disertasi, dan Tugas Akhir
Kepiting merupakan salah satu komoditi hasil perikanan yang ditemukan hampir diseluruh perairan laut indonesia. Salah satu cara untuk mempertahankan populasi kepiting dengan pengidentifikasian yang akurat terhadap spesies yang hendak dikelola. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jenis kepiting yang ditemukan di Perairan Tanjung Pasir Kota Tarakan, untuk mengetahui karakter morfologis dan mengetahui jarak genetik kepiting berdasarkan penanda molekuler gen COI (Cytohcrome Oxidase Subunit I). Identifikasi dimulai dengan melakukan pengukuran karakteristik morfologi, morfometrik, meristik (Morfologis) kemudian dilanjutkan proses isolasi DNA menggunakan kit ekstraksi DNA wizard Genomic DNA Purification, Promega dan kemudian dilanjutkan dengan amplikasi DNA dengan PCR. Hasil dari dendogram similaritas morfologis kepiting terjadinya 3 klaster, klaster 1 dan 2 beranggotakan kepiting bakau dan rajungan, sedangkan klaster 3 beranggotakan kepiting batu. Untuk hasil identifikasi molekuler menunjukkan teridentifikasi contoh sampel A1 dengan GenBank NCBI adalah kepiting jenis Myomenippe fornasinii dan contoh sampel A2 adalah Myomenippe hardwickii dan A3 adalah Syclla tranquebarica dan sampel A4 tidak ditemukan kecocokan sekuens dengan data pada NCBI. Dari hasil analisis jarak genetik ditemukan sampel A1 dan A2 merupakan contoh sampel terdekat dengan nilai 0,019.
